Guru yang salah mengajar dan salah dalam memahami bahan ajar mempunyai andil yang besar dalam meningkatkan miskonsepsi siswa. Miskonsepsi yang disebabkan oleh salah mengajar cukup sulit untuk diperbaiki, karena siswa beranggapan bahwa semua penjelasan yang diberikan guru adalah benar.
Maka dari itu guru harus menguasai bahan ajar dengan benar. Sama halnya dengan buku teks yang salah mengungkapkan konsep akan membingungkan siswa dan miskonsepsi siswa semakin berkembang.
Selain itu ada beberapa metode mengajar terkadang menimbulkan miskonsepsi siswa karena menekankan pada satu metode mengajar. Metode pembelajaran yang dibuat bervariasi dengan penekanan konsep pada setiap materi pelajaran akan meminimalkan miskonsepsi pada siswa.
Suparno (2005) menjelaskan bahwa penyebab miskonsepsi pada siswa disebabkan oleh diri siswa sendiri, guru/pengajar, buku teks, konteks, dan metode mengajar.
Penyebab miskonsepsi tersebut dapat diuraikan sebagai berikut :
1. Penyebab siswa dapat berupa prakonsepsi atau konsep awal yang salah, pemikiran asosiatif, pemikiran humanistik, reasoning yang tidak lengkap/salah, intuisi yang salah, tahap perkembangan kognitif siswa, kemampuan siswa, dan minat belajar siswa rendah.
2. Penyebab guru/pengajar seperti guru tidak kompeten, tidak menguasai bahan ajar, tidak memberikan kesempatan untuk siswa mengungkapkan gagasan, serta relasi guru dan siswa tidak baik.
3. Penyebab pada buku teks miskonsepsi terjadi ketika buku teks salah menulis terutama penulisan rumus, penjelasan yang keliru, tingkat kesulitan buku yang terlalu tinggi bagi siswa.