Dalam implementasinya, program BOS mengalami beberapa masalah yang signifikan, seperti penyaluran dana yang kurang tepat sasaran, penyalahgunaan dana oleh pemerintah setempat, dan korupsi yang terjadi di komite sekolah.
Namun, masalah-masalah ini tidak berhubungan langsung dengan sumber dana BOS.
Sumber dana BOS tidak berasal dari proses desentralisasi yang diatur dalam Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah.
Desentralisasi dalam konteks pendidikan berarti pemerintah daerah memiliki wewenang penuh terhadap perkembangan pendidikan di wilayahnya.
Namun, sumber dana BOS berasal dari APBN, bukan dari proses desentralisasi.
Dalam teori dan praktek, sumber dana BOS termasuk dalam kategori dana dekonsentrasi.
Dana dekonsentrasi adalah dana yang diberikan oleh pemerintah pusat kepada pemerintah daerah atau instansi vertikal di daerah untuk pelaksanaan program-program tertentu.
Dalam hal ini, dana BOS diberikan oleh pemerintah pusat kepada sekolah-sekolah di seluruh Indonesia melalui pemerintah daerah.