2. Meningkatnya ketegangan politik di Indonesia
Meskipun perundingan Linggarjati diharapkan dapat mengakhiri perang melawan Belanda, namun ternyata justru meningkatkan ketegangan politik di Indonesia.
Terjadinya perselisihan antara golongan nasionalis yang pro-kemerdekaan dengan golongan nasionalis yang lebih moderat, serta kekhawatiran dari kalangan Muslim dan republikan atas pengakuan Belanda terhadap status kerajaan-kerajaan di Indonesia, menimbulkan ketidakpuasan di kalangan masyarakat.
3. Munculnya gerakan-gerakan separatis
Dampak lain dari perundingan Linggarjati adalah munculnya gerakan-gerakan separatis di beberapa daerah di Indonesia.
Kebijakan federalisme yang diusulkan oleh Belanda menimbulkan kekhawatiran di kalangan nasionalis dan menyebabkan gerakan-gerakan separatis seperti DI/TII di Jawa Barat dan RMS di Maluku.
Baca Juga: Kunci Jawaban PKN Kelas 9 Halaman 112 Tentang Perjanjian Malino
4. Terjadinya perubahan dalam struktur politik Indonesia
Perundingan Linggarjati juga menghasilkan perubahan dalam struktur politik Indonesia. Setelah perundingan ini, terbentuklah Dewan Konstituante yang bertugas untuk membuat konstitusi negara, serta terjadi perubahan dalam struktur pemerintahan dengan terbentuknya negara Indonesia Serikat.
5. Meningkatnya pengaruh militer dalam politik Indonesia
Dampak terakhir dari perundingan Linggarjati adalah meningkatnya pengaruh militer dalam politik Indonesia.
Kehadiran Belanda yang kembali menguasai wilayah Indonesia setelah perundingan ini, membuat pemerintah Republik Indonesia semakin memperkuat posisi militer di dalam pemerintahan.