Cabang yang dilombakan di dalam KSM adalah Matematika Terintegrasi, Sanis IPA Terintegrasi, IPS Terintegrasi, Biologi, Fisika, Ekonomi, serta Geografi Terintegrasi.
Di dalam rangka pengembangan dan penguatan ilmu pengetahuan dan teknologi, peningkatkan mutu dan daya saing madrasah terutama di bidang sains, maka maka Kementerian Agama menyelenggarakan Kompetisi Sains Madrasah KSM yang cara daftar KSM 2023 telah kita pelajari.
KSM telah menjadi ajang yang positif dalam membangun budaya kompetisi dan mulai tahun 2018, KSM memiliki upaya mengelaborasi sains dengan konteks nilai–nilai Islam.
Integrasi sains dan konteks nilai–nilai Islam dalam KSM meliputi:
1. Soal–soal sains dalam KSM yang dielaborasi dengan konteks yang ada dalam Al Qur’an;
2. Soal–soal sains dalam KSM menggali konsep serta terapan yang ada dalam Islam seperti zakat, falak, dan tema lainnya dimaksudkan agar siswa tetap mengkaji konsep keislaman dengan sains yang holistik;
3. Soal keilmuan sains murni, dilakukan sebagai upaya tetap menyejajarkan siswa–siswa madrasah dengan siswa–siswa olimpiade sains di madrasah.
Pada KSM tahun 2022 lalu soal-soal menggunakan Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, atau Bahasa Arab. Hal tersebut merupakan sebuah bentuk persiapan kegiatan KSM di masa mendatang yang akan Go International, berkompetisi dengan beberapa negara sahabat dengan tujuan memperteguh akhlak mulia, kreatif, inovatif, berwawasan kebangsaan, cerdas, sehat, disiplin, serta menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi.