Bagian atap candinya ada suatu denah yang berbentuk prisma segi delapan. Tapi denah itu cukup rumit.
Di setiap sudutnya terbentuk dari beberapa puncak dan dilengkapi dengan suatu mahkota. Mahkota itu menampilkan denah persegi panjang.
Fungsi mahkota mendukung jajaran stupa di bagian atap yang berbentuk prisma segi delapan.
Bagian atapnya ada suatu relung-relung kecil yang dipenuhi dengan beberapa arca Dhyani Budha. Hanya saja arca sudah disusun tidak sesuai pada tempat semula.
Dhyani Budha adalah Lima Budha Kebijaksanaan. Dhyani Budha juga dikenal sebagai Lima Budha Agung atau Lima Jina Dalam. Dhyani Budha adalah wujud dari lima kualitas Budha.
Inilah Lima Jina Budha atau Lima Dhyani Budha yang ada di Candi Kalasan :
1. Vairocana atau Budha
Mempunyai warna putih dengan elemen ruang aether, serta simbol roda dharma. Makna dari Vairocana adalah memutar roda dharma kebodohan.
2. Vajra atau Akshobya
Mempunyai warna biru dengan elemen air, serta simbol berupa tongkat Vajra. Makna dari Vajra adalah menerima dan mendamaikan baik itu kemarahan maupun kebencian.
3. Padma atau Amitabha
Mempunyai warna merah dengan elemen api, serta simbol berupa seroja atau teratai. Makna dari Padma adalah menarik dan menundukkan keegoisan serta kemelekatan.
4. Ratna atau Ratnasambhava
Mempunyai warna kuning emas dengan elemen tanah, serta simbol permata cintamani. Makna dari ratna adalah memperkaya dan meninggikan tapi tidak bersifat sombong dan serakah.